Sabtu, 17 Desember 2011

TUGAS TI TENTANG SIG DAN INDERAJA


 Budidaya ikan diperlukan sebagai salah satu usaha untuk mempertahankan keberadaan ikan dengan cara memperhatikan berbagai aspek salah satunya mengetahui daerah yang potensi sebagai lokasi budidaya ikan. Berdasarkan analisis kesesuaian dengan memanfaatkan sistem informasi geografis (SIG) dan di golongkan menjadi 3 kelas yaitu sangat sesuai, cukup sesuai dan tidak sesuai, dan pulau kambuno tergolong kelas cukup sesuai.
Data yang diambil berdasarkan penempatan stasiun pada lokasi penelitian untuk budidaya ikan kerapu dengan model keramba jaring apung meliputi berbagai parameter untuk kesesuaian lokasi yakni gelombang, kedalaman, pasang surut, arus, kecerahan, salinitas, suhu, DO, dan derajat keasaman (pH). Pengukuran dilakukan pada sampel air di permukaan dan pada kedalaman 5 meter.
Langkah-langkah analisis data SIG yaitu:
1.      Melakukan digitasi terhadap hasil scanning dari peta rupa bumi Indonesia wilayah Sinjai dan sekitarnya
2.      Melakukan interpolasi terhadap parameter fisika dan kimia
3.      Melakukan topologi yakni penyusunan atau pemasukan semua data atributt berupa data kriteria, nilai, skor, dan tingkat kesesuaian ke dalam masing-masing parameter yang ada
4.      Melakukan permodelan yang meliputi overlay dengan perintah union terhadap setiap theme peta tematik yang sudah dalam buk data spasial dan lengkap dengan atributnya
5.      Melakukan skoring dengan menjumlahkan semua skor untuk masing-masing parameter, kemudian melakukan evaluasi kesesuaian lokasi penempatan KJA untuk ikan kerapu dilakukan setelah pembobotan dan mendapatkan skor akhir dimana kelas kesesuaian dibagi berdasarkan persamaan
6.      Melakukan pernyatuan (dissolve) terhadap atribut yang sama di dalam theme objek yang sama yakni theme hasil overlay yang sudah dilengkapi dengan data atributnya sehingga menghasilkan peta kesesuaian lokasi KJA untuk budidaya ikan kerapu
7.      Menampilkan hasil analisis kesesuaian lokasi dalam bentuk peta dengan mengikuti kaidah kartografi.
Suhu sesuai untuk lokasi budidaya dan merupakan parameter yang menjadi faktor pembatas dalam usaha budidaya ikan kerapu dikepulauan sembilan. Arus untuk stasiun 1-7 serta 9 dan 10 sesuai sedangkan untuk stasiun 8 tidak sesuai. Kecerahan sesuai untuk lokasi budidaya kecuali di lokasi 5 karena kedalaman hanya 4 meter. Salinitas di Kepulauan Sembilan sesuai untuk penempatan budidaya budidaya ikan kerapu dengan menggunakan keramba jaring apung. Kisaran derajat (pH) pada lokasi penelitian tidak sesuai untuk dijadikan lokasi budidaya ikan kerapu dalam keramba jaring apung. Kandungan padatan tersuspensi pada stasiun 2 dan 9 sangat sesuai, stasiun1,3,4,5,6,7,8,10 cukup sesuai. Kandungan bahan organik total pada semua penelitian tidak sesuai untuk lokasi budidaya KJA. Kandungan nitrit pada semua stasiun cukup sesuai untuk KJA disebabkan oleh rendahnya kandungan nitrit pada semua stasiun adalah karena jarak lokasi penelitian yang jauh dari daratan. Utnuk analisis sampel fosfat cukup tinggi pada stasiun 7, makan kandungan fosfat pada keseluruhan stasiun pada lokasi penelitian termasuk dalam kategori cukup sesuai. Konsentrasi DO dikategorikan sangat sesuai. Kedalaman di Kepulauan Sembilan bervariasi. Untuk perubahan pasang surut terukur selama 39 jam dan lokasi cukup sesuai karena perbedaan pasang surut terletak pada kisaran 1-2 meter. Pengukuran gelombang menunjukkan sangat sesuai pada stasiun 2, 3, 9, dan 10. 
Berdasarkan hasil analisis spasial (overlay) melaui menu geoprocessing, maka diperoleh peta baru yakni peta kesesuaian lokasi untuk penempatan KJA dengan memanfaatkan SIG diperoleh hasil bahwa lokasi penelitian yang tergolong dalam kelas sangat sesuai  sekitar 0,777 Ha, cukup sesuai 8,796 Ha, dan yang tidak sesuai 3,249 Ha. Hal ini menunjukkan bahwa sebagian besar perairan Pulai Kambuno tergolong dalam kelas cukup sesuai.
sumber  : http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/18308217226.pdf

Minggu, 20 November 2011

BIOINFORMATIKA DALAM PERIKANAN


BIOINFORMATIKA DALAM PERIKANAN


Pengertian Bioinformatika
            Sebelum membahas tentang bioinformatika dalam bidang perikanan sebaiknya kita mengetahui pengertian bioinformatika itu sendiri. Bioinformatika sendiri berasal dari bahasa inggris ”bioinformatics” yang berarti ilmu yang menerapkan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis yang mencakup penerapan metode – metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah – masalah biologi, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino. Contoh bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informai biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika dalam perikanan
            Studi Bioinformatika merupakan studi aplikasi dari bidang biologi, kimia organik, statistik, bidang statistik informatika, dan menggunakan berbagai softwere komputasi. Dalam studi ini pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyandi gen transglutaminase. Transglutaminase (protein-glutamin-glutamiltransferase [EC2.3.2.13])  yang bebas kalsium telah ditemukan pada bakteri actinomycetes dan digunakan sebagai perekat protein pada daging, ikan, produk kosmetik atau produk makanan. Untuk mendapatkan enim tansgutaminase secara besar-besaran dilakukan melalui produksi enzim rekombinan dan diperlukan tahapan proses kloning dan ekspresi gen Tgase yang menyandi enzim ini. Dalam makalah ini dipaparkan proses studi bioinformatika yang merupakan tahapan awal dan proses terpenting yang harus dilakukan sebelum menuju pada kloning gen.
            Jenis mikroba yang digunakan adalah mikroba sember gen hasil pencarian melalui bioinformatika yaitu bakteri Streptomyces dan Streptoverticillium dan mikroba inang adalah Escherichia coli. Software yang digunakan adalah Gen Bank Data Base dari NCBI, BLAST dari NCBI, CLC free Workbench 3, Genomics Expression versi 1.100, fastPCR vers 5.0.214. Tahapan studi bioinformatika secara menyeluruh adalah
1. Penelusuran Informasi sumber penghasil enzim transglutaminase melalui genbank dari www.ncbi.nlm.nih.gov maupun swissprot.
2. Mengumpulkan informasi sekuens nukleotida komplit genom yang kemudian disimpan dalam bentuk notepad sesuai dengan nama mikroorganismenya
3. Membuat kemiripan sekuens basa dan sekuens asam amino yang berasal dari mikroorganisme penghasil transglutaminase.
4. Menentukan primer forward dan primer reverse yang sesuai untuk mengekspresikan gen yang memproduksi enzim transglutaminase
5. Menguji pengujian desain primer secara in silico dan menggunakan DNA Calculator online
            Dari hasil penelusuran melalui NCBI terdapat banyak mikroorganisme penyandi gen Tgase yang menghasilkan produk berupa enzim transglutaminase yaitu kelompok Streptomyces dan Streptoverticillium. Dalam penelusuran genbank diketahui pola sekuens asam amino, kemudian enzim yang baru ditemukan dibandingkan dengan asam amino-nya. Apabila sudah ditemukan, kemudian di sintesa senyawa yang dapat berinteraksi dengan asam amino.
Tabel 1. Mikroorganisme penyandi gen Tgase kelompok Streptomyces dan Streptoverticillium
No
Nama mikroorganisme
Panjang gen (bp)
Posisi cds
1
Streptomyces fradiae
1242
1-1242
2
Stretomyces netropsis
1535
280-1521
3
Streptomyces baldaccii
1630
352-1608
4
Streptomyces cinnamoneus
1251
1-1251
5
Streptomyces paucisporogenesis
1416
63-1319
6
Streptomyces platensis
1399
76-1332
7
Streptomyces caniferus
1391
119-1372
8
Streptomyces mobaraensis
1244
1-1244
9
Streptomyces mobaraensis
1246
51-1238
10
Streptoverticillium mobaraense
1131
1-1131
11
Streptoverticillium sp.
1809
1-1218

           
Gambar. Salah satu hasil penelusuran mikroba penghasil gene Tgase Streptomyces fradiae
Setelah informasi dari database diperoleh, selanjutnya menganalisa data. Pencarian database berdasarkan hasil alignment/pensejajaran sekuen yang berguna  ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya. Desain primer dibuat dari data nukleotida gen Tgase Streptomyces mobaraense. Gen transglutaminase dari Streptomyces mobaraense memiliki kandungan GC yang cukup baik yaitu untuk primer forward sebesar 60% dan primer reverse sebesar 55%. Adapun susunannya yaitu:
Primer forward = PTGase 4 5’- CCG AGA CGG TCG TCA ACA AC-3’ dan
Primer reverse = PTGase 4 5’- CGA ACC AGC CGT AGT CGA AA-3’.